התפקיד העיקרי של המדען הראשי הוא לקדם את הרמה המקצועית של מפ"י ושל ציבור המודדים באמצעות פעילות מדעית, הדרכה, מחקר ופיתוח. פעילות זו מכוונת להתאים לצרכים המקצועיים של מפ"י. חלק נכבד מפעילות זאת הוא ביצוע מחקרים על ידי חוקרים חיצוניים, תוך ליווי המחקרים על ידי הגורמים המקצועיים במפ"י. בחירת המחקרים נעשית על ידי ועדת סקרים ומחקרים של מפ"י שהמדען הראשי עומד בראשה. עיקר פעילות המדען הראשי הוא בניתוב עדכון תקנות המדידה וההנחיות הטכניות של המנהל, כמתחייב בעיקר מהשינויים וההתפתחות הטכנולוגית המואצת בתחום.
נושאים נוספים המטופלים על ידי המדען הראשי:
- ריכוז פורום תשתית ישראל, הכולל את מנכ"ל מפ"י, מנכ"ל חיא"ל (חקר הימים והאגמים לישראל), מנהל המכון הגאולוגי, המדען הראשי של מִנהל מדעי האדמה, המדען הראשי של המכון הגאולוגי, מנהל המכון הגאופיזי ומנהל סוכנות החלל הישראלית.
- קשר עם מוסדות אקדמיים.
- עידוד חיכוך של אנשי מפ"י עם האקדמיה, הן בהוראה ובחינת עבודות מגיסטר ודוקטור והן בכתיבה משותפת של מאמרים.
- קשר עם אגודות מקצועיות רלוונטיות.
- סיוע בארגון משותף של פעילות הדרכה וימי עיון וכן בתמיכת מפ"י לפעילות הבין-לאומית של האגודות.
- ריכוז וניווט פעילות היועצים במפ"י, על פי הצרכים ובהתאם לתקציב.
- ייזום וקידום מחקרים משותפים למפ"י ולאקדמיה ו/או מוסדות אחרים בארץ ובחו"ל.
- הכוונה וייזום הדרכה והשתלמויות לאנשי מפ"י בארץ ובחו"ל.
